"NCIS: Origins" führt ins Jahr 1991 zurück, als der junge Leroy Jethro Gibbs nach einem tiefgreifenden Verlust das Marine Corps verlässt und beim Naval Investigative Service (NIS) in Camp Pendleton zum Agenten ausgebildet wird – noch bevor die Behörde ihren heutigen Namen NCIS erhält. Unter der strengen Führung von Special Agent Mike Franks findet er seinen Platz in einem unberechenbaren Team, das Verbrechen aufklärt und für die Sicherheit des Landes kämpft.