Im 25. Jahrhundert hat eine Seuche fast die gesamte Menschheit ausgelöscht. Die wenigen verbleibenden Menschen leben in der von der feindlichen Außenwelt abgeschotteten Stadt Bregna, die von einem Team von Wissenschaftlern unter der Leitung von Trevor Goodchild regiert wird. Die Widerstandskämpferin Aeon Flux erhält den Auftrag, Goodwin zu töten. Doch dann erfährt sie ein gut gehütetes Geheimnis und beschließt, die Seiten zu wechseln.

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