Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Die Ninja Turtles sind auf der Flucht und sind dabei auf sich gestellt. Leonardo ist ein Anführer, und es gibt niemanden, der ihn anführen kann. Leo muss Bishop und ihre Mechaniker aufhalten, während er versucht, seine Brüder zu schützen.